Le sale di questo Museo sono state arredate con tre banconi chimici e numerose vetrine che raccolgono gli apparati e gli strumenti della collezione, testimonianza delle differenti tematiche di ricerca portate avanti a Palermo e delle loro diversificazioni, specie dopo la fondazione degli Istituti di Chimica Organica (1951) e poi di Chimica Fisica (1961). Fu Stanislao Cannizzaro il primo ad impegnarsi, sin dalla sua nomina a professore ordinario di Chimica Organica e Inorganica nel 1861, affinché l’Università di Palermo si dotasse di un laboratorio di chimica, moderno e funzionante, destinato non solo alle ricerche del professore e degli assistenti, ma anche alle esercitazioni pratiche degli studenti.

I pezzi più antichi della collezione risalgono agli anni di Cannizzaro e mostrano come ancora, nella seconda metà dell’ottocento, la strumentazione utilizzata dai chimici, e con la quale essi ottenevano notevoli risultati, fosse piuttosto semplice per non dire rudimentale. Essa consisteva essenzialmente in recipienti di vetro o porcellana, utilizzati per preparare, raccogliere, conservare sostanze solide, liquide o gassose, per misurarne il volume, per scaldarle, per farle reagire.

Tra gli strumenti esposti, numerose bilance a due bracci, munite di scatole con pesi in ottone o cristallo di rocca, oppure dotate di dispositivi semiautomatici per il caricamento dei pesi.

L’evoluzione della strumentazione analitica nell’ottocento è testimoniata dalla presenza di due modelli di spettroscopio, uno acquistato da Cannizzaro, l’altro più recente e a doppio prisma, entrambi utilizzati per eseguire accurate analisi elementari. Sono conservati anche due modelli di spettrofotometri Beckmann per l’analisi nel visibile UV, e uno per l’analisi nell’infrarosso. Completano la strumentazione ottica microscopi, polarimetri, rifrattometri, apparecchi di Duboscq e un comparatore di Hellige, per le analisi sul campo.

Il Museo conserva inoltre le tracce della prestigiosa scuola chimica internazionale, voluta da Cannizzaro durante la sua permanenza a Palermo, tra il 1862 e il 1872, della quale fecero parte un certo numero di giovani chimici stranieri come il francese Alfred Naquet, l’austriaco Adolf Lieben, il tedesco Wilhelm Körner e il palermitano Emanuele Paternò. Le ricerche che Cannizzaro condusse a Palermo furono d’avanguardia in campo internazionale e l’insegnamento della chimica, basato sulla versione più completa e accurata della teoria atomico - molecolare, che questi ricercatori portavano avanti, non aveva eguali in Italia, e forse neanche in Europa.

In una bacheca del Museo sono conservati alcuni prodotti chimici, sintetizzati da Körner, che costituiscono una prova determinante a favore dell’equivalenza delle sei posizioni dei sostituenti nella molecola del benzene. Essi testimoniano ancor oggi come, in quel periodo, Palermo fosse il centro dello scenario chimico internazionale.

Al Museo è annessa, nel Dipartimento di Chimica Inorganica e Analitica, una Biblioteca storica, nella quale sono raccolti quasi 1200 libri, tra monografie e collezioni, pubblicati a partire dai primi anni dell’ottocento, e circa 2400 volumi tra riviste e periodici. Tra questi, un posto di notevole rilievo ha la Gazzetta Chimica Italiana, fondata da Cannizzaro, Paternò e altri illustri chimici, in quanto primo giornale destinato a pubblicare principalmente lavori di chimica, italiani e stranieri, e stampato a Palermo dal 1871 al 1904.