La Collezione di Mineralogia ha sede presso il Dipartimento di Scienze della Terra e del Mare e custodisce una delle più ricche ed antiche collezioni di minerali in Sicilia, come gli splendidi reperti della serie gessoso - solfifera siciliana, le diverse collezioni di minerali, spesso rari e provenienti da tutti i continenti, le rocce e i materiali lapidei decorativi, la pregiata ambra siciliana, i preziosi ed antichi strumenti di studio e ricerca.

Nel nuovo allestimento, la logica del percorso è quella del viaggio all’interno della materia, cercando di attribuire un nuovo senso e una nuova collocazione a ciascun pezzo: dal micro al macro, dai meteoriti provenienti da uno spazio – tempo lontanissimo all’atomo, con l’idea di permettere al visitatore di codificare le strutture di “vita” e di “sistema” di ciascun pezzo dentro ad una visione d’insieme, quella del governo delle leggi della natura e dei principi.

La collezione nasce a partire dal nucleo iniziale della donazione Airoldi, che comprendeva reperti geologici e paleontologici e pervenne all'Istituto di Geologia dell'Università a metà Ottocento. Si tratta di una raccolta che attiene ancora ai criteri del collezionismo, piuttosto che a un interesse scientifico naturalistico. Le altre collezioni custodite nell'Istituto sono ascrivibili in massima parte  al periodo del Miocene e all'ambito gessoso-solfifero della regione.

Sono esclusi da questa categoria i campioni di meteorite, ad esempio, che rappresentano esemplari di grande interesse scientifico. Oltre a questi pezzi, sono presenti campioni raccolti da studiosi facenti capo all'Istituto e provenienti dal Sud Italia.