Dal punto di vista museologico, la Collezione comprende diversi nuclei a carattere didattico-divulgativo o strettamente scientifico.
La Collezione Didattica di Entomologia occupa un fabbricato distaccato dal corpo principale del Dipartimento e include pannelli e scatole entomologiche, materiali lignei e librari di interesse storico artistico attaccati da termiti, oltre a materiali apistici costituiti da arnie antiche e attrezzature moderne per l'allevamento delle api. Il Museo costituisce un supporto per gli studenti di entomologia, e viene visitato dalle scolaresche nell'ambito delle attività di Orientamento del Dipartimento.
La Collezione entomologica generale è costituita da oltre 600 cassette entomologiche conservate in appositi armadi. Negli ultimi anni si è avviata una loro schedatura con criteri tassonomici. Della collezione generale della Sezione fanno inoltre parte alcune scatole contenenti insetti esotici, conservate presso il Museo.
Le Collezioni di studio sono state costituite da docenti e ricercatori della sistematica e biologia di alcuni gruppi di Acari o Insetti e sono utilizzate per lo più come supporto per l'identificazione di materiale raccolto di recente.

La Collezione di Entomologia agraria si trova presso l'ex Istituto di Entomologia Agraria, sorto nel 1960 nell'ambito della Facoltà di Agraria, e oggi confluito nel Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali. La collezione riflette le aree di ricerca sviluppate, quali le principali avversità delle colture agrarie, le comunità di artropodi e fitofagi degli ambienti forestali siciliani, lo studio dell'ape e degli apoidei selvatici, nonché di insetti che si nutrono di legno e materiale cartaceo di interessa storico e artistico.